Οι συχνότερες παρενέργειες που προκαλεί κάθε φάρμακο χημειοθεραπείας είναι διαφορετικές. Επίσης, κάθε άτομο ανταποκρίνεται διαφορετικά στη χημειοθεραπεία. Αυτό σημαίνει ότι κάποιος μπορεί να μην εμφανίσει παρενέργεια, ακόμα κι αν αυτή θεωρείται πιθανή.

Οι πιο συχνές παρενέργειες της χημειοθεραπείας τόσο κατά του ΜΜΚΠ όσο και κατά του ΜΚΠ είναι:

• Δυσκοιλιότητα
• Διάρροια
• Εύκολοι μώλωπες ή αιμορραγία, λόγω χαμηλού αριθμού αιμοπεταλίων (θρομβοπενία)
• Κόπωση
• Απώλεια μαλλιών
• Αυξημένος κίνδυνος λοίμωξης, λόγω χαμηλού αριθμού λευκών αιμοσφαιρίων (ουδετεροπενία)
• Απώλεια της όρεξης
• Αλλαγή στη γεύση
• Πληγές στο στόμα και στον φάρυγγα
• Ναυτία, εμετός
• Περιφερική νευροπάθεια: Ευαισθησία στο κρύο ή τη ζέστη ή αδυναμία, κυρίως στα χέρια και τα πόδια.

Οι περισσότερες από τις παρενέργειες της χημειοθεραπείας σταματούν μετά τη θεραπεία. Ορισμένες όμως μπορεί να συνεχιστούν, να υποτροπιάσουν ή να εμφανιστούν αργότερα.

Μεταξύ των σοβαρών μακροπρόθεσμων επιπτώσεων περιλαμβάνονται οι καρδιακές παθήσεις, άλλες μορφές καρκίνου, χαμηλά επίπεδα θυρεοειδικών ορμονών, προβλήματα γονιμότητας και γνωστικά προβλήματα.

Οι παρενέργειες μπορεί να εμφανιστούν ακόμη και χρόνια μετά την ολοκλήρωση της θεραπείας, γι αυτό είναι σημαντική η ιατρική παρακολούθηση δια βίου.