Το πρωτόκολλο της κλινικής μελέτης καθορίζει το είδος και τη συχνότητα της φαρμακευτικής αγωγής. Τις περισσότερες φορές, οι ασθενείς που συμμετέχουν σε κλινική μελέτη συνεχίζουν να παίρνουν την ίδια φροντίδα από τους γιατρούς τους σε ένα πλαίσιο συνεργασίας με τους ερευνητές. Γιατροί και ερευνητές συνεργάζονται για να διασφαλίσουν ότι το πρωτόκολλο της κλινικής μελέτης δεν θα συγκρούεται με άλλα φάρμακα ή θεραπείες που λαμβάνει ο ασθενής.